Distintos anchos de mis capas, ¿por que?

aqui tu fallo

primero debiste cerrar el <a> luego cerrar el div, y te sobra un cierre de div

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<div id="logotipo"><a href="index.html">[contenido no disponible]</div><a/></div>
<div id="publicidad">Bienvenidos a mi Web</div>
</div>
<div id="navegacion">
lo checas, lo subes y nos avisas para sguir viendo

saludos
un placer!!!

cuando nos dejan la url y/o los codigos de la web, es mucho mas fàcil y divertido ayudar

saludps