Se pone en el body así que sácalo del head :)
El menú se escribe en html, lo que pasa que lo guardas en un php.
Mira, te voy a pasar unos ejemplos que uso yo:
En la carpeta includes tengo varios archivos, uno de ellos se llama menu-izq.php y dentro tiene esto:
<ul>
[*][url="index.php"]Página Principal[/url]
[*][url="test-autoescuela.php"]Tests[/url]
[*][url="foro/index.php"]Foros[/url]
[*][url="blog/index.php"]Blog[/url]
[*][url="email/?p=subscribe"]Suscríbete[/url]
[*][url="contacto.php"]Contacto[/url]
[/list]
Cuando quiero que se vea ese menú, pongo lo siguiente en el html de la página que sea (eso sí, tiene que ser .php):
<html>
<head>
<title></title>
</head>
<body>
<div id="menuv">
<? include("includes/menu-izq.php"); ?>
</div>
</body>
</html>
El <? indica que empieza código php y el ?> indica que el código php termina.
Ahora bien, después de toda esa explicación, tienes que tener en cuenta de que la web en la que pongo el primer código (el que tiene el primer archivo, el archivo que llamo con el include) es una web sencilla a nivel de archivos, es decir, no tiene un mogollón de carpetas y no hay lío con las rutas. Eso es porque es una web hecha en php y lo que son las carpetas ya las genero yo de otra forma (ahora no viene al caso explicarte, igual te lío más...). Con eso quiero decirte que ojo con las rutas, una solución buenísima es usar rutas absolutas (y no relativas como tengo yo), así:
<ul>
[*][url="http://www.tuweb.com/index.php"]Página Principal[/url]
[*][url="http://www.tuweb.com/test-autoescuela.php[/b]"]Tests[/url]
[*][url="http://www.tuweb.com/foro/index.php"]Foros[/url]
[*][url="http://www.tuweb.com/blog/index.php"]Blog[/url]
[*][url="http://www.tuweb.com/email/?p=subscribe"]Suscríbete[/url]
[*][url="http://www.tuweb.com/contacto.php"]Contacto[/url]
[/list]
Y lo mismo en la llamada del include:
<? include("[b][url]http://www.tuweb.com/includes/menu-izq.php[/url][/b]"); ?>
Qué te parece? Supongo que ahora lo entenderás mejor, si no es así avisa.
Un saludo ;)