Esperar en PHP a que termine consulta MYSQL

Estoy creando una pagina, en la cual, cada uno puede introducir datos (4 por ejemplo).

Segun lo que hayas seleccionado previamente, los datos se te precargan (ejemplo: Pais: España, Comunidad: Aragon y Ciudad: Madrid), y lo de que los datos se precarguen esta realizado con Ajax, entonces yo hago un include de ciertos archivos "prueba.php" y el me realiza las oconsultas MYSQL necesarias, etc para rellenarme los options con lo que se habia seleccionado.

Para que me precargue todos los combos, realizo esto:

document.getElementById("paises").onchange();

Que me carga las comunidades y em deja seleccionada la que es; pero si yo realizo esto (como lo estoy haciendo ahora:

document.getElementById("paises").onchange();
document.getElementById("comunidades").onchange();

Me realiza las dos cosas a la vez, y las ciudades no las carga, porque todavia no ha introducido los datos de la busqueda en el option.

¿Hay algun forma con PHP de que se haga una especie de parada en la pagina (pero no en la busqueda) para que este ultimo option (Ciudades) las cargue correctamente?
La cosa era que PHP lee todo de golpe y manda ejecutar una serie de sentencias en los OnChange de algunos options, pero como al servidor no le daba tiempo (no es tan rapido como para hacerlo) para realizar la consulta y colocar los datos antes de que PHP llegue a la siguiente linea, nunca me cargaba las comunidades.

Para solucionar esto, hice lo siguiente. Ya que siempre aparecen mas de 20 datos para introducir, primero le decia que me hicera todos los OnChange de Lugar (y asi le daba tiempo a hacerlos, sobre todo los primeros) y despues los OnChange de Comunidad (cuando empezaba con ellos, si algunoa sentencia de Lugar no habia terminado seria de las ultimas, pero las primeras si lo que lo habrian hecho, y por lo tanto, las comunidades aparecerian).

De todas formas gracias por vuestra ayuda.