Protección de mi web contra virus

Hola buenas tardes, ante todo les envío un saludo y les agradezco de antemano toda la ayuda que me puedan brindar.

Actualmente estoy teniendo un problema con mi web. De alguna forma se infectó con un virus que tiene este nombre "HTML/Frame".
El virus se fue corriendo por cada uno de los enlaces de pagina hasta que logró infectar mi index.
En mi computadora tengo el antivirus AVG y cada vez que entro a la página me sale un aviso de advertencia diciendo que mi web en un sitio atacante, por lo que decidí poner temporalmente un index posponiendo el funcionamiento por 48 horas.
Necesito que me ayuden a eliminar esta amenaza de mi web, pero sobre todo a que expliquen porqué pudo haber sucedido y cómo puedo evitar que vuelva a suceder.
Por cierto, mi web contiene marcos iframe, en algún lado leí que son vulnerables a virus y cosas por el estilo, no se si sea cierto, pero de serlo, me gustaría que me explicaran el porqué. Por lo momentos, y por si acaso he decidido eliminar los iframe de mi página, cosa que me agrada tener que hacer, pero prefiero eso a tener una página que ahuyente a los visitantes.
Esto puede ser un poco laborioso, pero supongo que funcionara: borra toda tu pagina web del hosting y vuelvela a subir. Te recomiendo usar Filezilla ;)
Hola,

La borré completa y monté solo un documento index provisional y volvió a salirme el mismo aviso. Pedí a mi hosting que resetearan la website y que me dijeran que había pasado y me informaron que no tenia un virus sino un troyano. Ahora no quiero subir nada todavía porque supongo que el troyano también debe estar en mi cpu. :-S
Pues te puedo decir que tu hosting ha respondido de muy mala forma... los virus en los servidores son un asunto muy delicado y casi... y repito "casi" dificil que ocurra. Más bien pueden ser del tipo instrucción a hacer algo a nivel local (Tu web) más que infectar algo, pues si fuese así, generaría un caos masivo en los más de 300 sitios alojados en el servidor.

El problema está en que se ha infectado tu Pc y a la vez el sitio Local que cada vez que lo subes, sube la infección... Solución ? pasar tu antivirus o solicitar a tu proveedor que ejecute el antivirus del servidor y problema resuelto.