Hola:
Depende de ti, como programador, permitir al usuario modificar opciones.
En algunos casos he visto que se cambia directamente en el archivo js
Si modificas un archivo para modificar una opción, quiere decir que el creador no tenía planeado que nadie modificara las opciones o que no la programó bien.
Generalmente, si el programador permite la modificación de opciones, estás son especificadas en la documentación. Si no aparece nada en la documentación, entonces el programador no permite la modificación.
En general, siempre debes ocultar (no permitir la modificación) lo que no puedas controlar o lo que sepas que puede afectar tu programa/script. Con los slide, por ejemplo, imagina que creas un slide que ejecuta alguna cosa 2 segundos después de que ha cambiado de foto; luego, piensa lo que ocurriría si el usuario, por alguna razón, da menos de 2 segundos para cambiar la imagen... lo que debería ejecutarse en esos dos segundos nunca se ejecutará.
Espero que te ayude :P, saludos :).