error con htaccess

hola un saludo.. a todo el foro..

el problema es con el htaccess.. necesito saber como cambia la estructura de directorios el RewriteRule


ejemplo RewriteRule ^prueba1/$ controller/controller.php


donde prueba1 es el el directorio raiz de la aplicacion osea su directorio padre es htdocs
y
controller es el directorio padre de controller.php y se encuentran en htdocs/prueba1/controller/controller.php

donde deve de estar ubicado el htaccess para que tome la condicion????