Capitulo 1 (jquerry y html)

Hola a todos.
Soy nueva en esto de las webs, y después de seguir el curso de CCTW de Html, CSS y jQuery, me surgen dudas de éste último.
Es una duda súper general, así que espero que me podáis responder.
No me queda claro qué es el archivo mijquery.js y el funciones.js.
He entendido que "mijquery.js" es el archivo donde escribimos toooooooodo el código que encontramos en la web de jquery: http://code.jquery.com/jquery-1.11.1.min.js , que vendría a ser como el nuevo idioma que tiene que aprender el archivo html de nuestra página, y que el "funciones.js" sería el archivo donde vamos colocando las funciones que vamos a emplear. ¿Es así?
Entonces, por qué en muchos de los ejemplos que veo en el foro, colocan los script dentro del archivo html? ¿no habría que colocarlos en el "funciones.js"?

Muchas gracias por aclararme esta duda existencial, a ver si al final consigo mi web.

Sois todos los mejores. Es increíble que haya tanta gente dispuesta a ayudar tan desinteresadamente!
@Amayachocolate,

Todo archivo de Javascript (con extensión .js) se debe incluir en el archivo HTML para que el navegador sepa que debe ejecutar o utilizar el código dentro de estos archivos.

Hay dos formas de decirle esto al navegador:

Código dentro de la etiqueta script

<html>
  <head>
[COLOR="#0000CD"]    <script>
      function sumar(a, b) {
        return a + b;
      }

      alert("3 + 3 = " + sumar(3, 3));
    </script>[/COLOR]
  </head>
  <body>
    <h1>Bienvenidos a mi sitio web</h1>
  </body>
</html>

Dentro de un archivo .js
(el archivo se llamará functions.js)

function sumar(a, b) {
  return a + b;
}

En este caso la función sumar nunca es utilizada, por lo que hay que usarla en el archivo HTML, mezclando ambas formas:

<html>
  <head>
[COLOR="#0000CD"]
    <script src="functions.js"></script>
    <script>
      alert("3 + 3 = " + sumar(3, 3));
    </script>[/COLOR]
  </head>
  <body>
    <h1>Bienvenidos a mi sitio web</h1>
  </body>
</html>

De esta forma el navegador entiende que debe incluir el archivo functions.js y sabrá dónde buscar la función sumar.

En resumen, podríamos decir que los archivos .js son los que definen lo que se puede hacer y le decimos al navegador dónde (en que página) debe hacerlo al incluirlos con la etiqueta script.

Espero que te ayude :),

Saludos!